UNIOS



?ifra predmeta:2207Naziv predmeta:INFORMATI?KI ALATI U MOLEKULARNIM BIOZNANOSTIMAOP?I PODACI:Studijski program:Molekularne bioznanostiModul:BioinformatikaNositelj predmeta:Dr.sc. Pa?ko Konjevoda, znanstveni suradnikUstanova nositelja predmeta:Institut Ru?er Bo?kovi?Suradnici – izvoditelji:Status predmeta:□ obvezni X izborniGodina i semestar u kojem se predmet predaje:I. godina , II. semestarCilj predmeta:Upoznati studente s osnovnim informati?kim alatima koji se koriste u ra?unalnoj biologiji, te njihova primjena u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji.Sadr?aj predmeta:Teorijski dioPodru?je ra?unalne biologije i bioinformatike. Primjena ra?unalne biologije i bioinformatike u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji. Biolo?ke baze podataka. Slaganje sekvenci. Filogenetska analiza. Transkriptomika. Proteomika. Metabolomika. Biokemijska dinamika. Sistemska biologija. Programski jezici. Open-source programi za analizu podataka. Komercijalni programi za analizu podataka. Naj?e??e pogre?ke u analizi podataka.Prakti?ni dio – rad s programom Unipro UGENEUvod u grafi?ko su?elje. U?itavanje sekvenci. Anotacija sekvenci. U?itavanje i pregledavanje 3D struktura. Poslagivanje sekvenci. Filogenetska analiza. Uporaba BLAST-a. Predikcija sekundarne strukture. Seminari Prakti?na primjena ra?unalne biologije u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji. Ishodi u?enja: kompetencije, znanje, vje?tine koje predmet razvijaStudenti ?e ste?i osnovna znanja o informati?kim alatima koji se koriste u ra?unalnoj biologiji. Cilj je predmeta upoznati studente s osnovnim ra?unalnim platformama, operacijskim sustavima, bazama podataka, formatima podataka i programima za analizu. U prakti?nom dijelu nastave poseban ?e naglask biti stavljen na upoznavanje i prakti?an rad s integriranim sustavom za analizu podataka Unipro UGENE.Satnica, na?in izvedbe i ECTS koeficijent optere?enja studentaECTS bodovi6Broj sati Predavanja 5Seminari 5Vje?be20Ukupno30NA?IN IZVO?ENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJAPredavanjaSeminariVje?beRadioniceSamostalni zadaciMultimedija i internetObrazovanje na daljinuKonzultacijeRad u laboratorijuMentorski radTerenska nastavaNapomene: /Obveze studenata: Poha?anje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.Pra?enje i ocjenjivanje studenata (ozna?iti masnim tiskom samo relevantne kategorije)Poha?anje nastaveAktivnosti u nastaviObvezan seminarski radVje?ba ili case studyNa?in ocjenjivanja: seminarski rad i pismeni ispit koji sastavljaju svi predava?i zajednoPismeni ispitUsmeni ispitEsej/SeminarPrikaz slu?ajaAnaliza objavljene publikacijeProjektKontinuirana provjera znanja u tijeku nastavePrezentacijaPrakti?an radObvezna literatura:Hodgman TC, French A, Westhead DR. BIOS Instant Notes Bioinformatics. 2nd edition, Taylor & Francis, Abingdon, 2009.Unipro UGENE Manual Version 1.20.0 ()Dopunska (preporu?ena) literatura:Claverie J-M, Notredame C. Bioinformatics for Dummies. 2nd edition, Wiley, Hoboken, 2007.Haddock S, Dunn C. Practical Computing For Biologists. Sinauer Associates, 2010.Wünschiers R. Computational Biology. 2nd edition, Springer-Verlag, Berlin, 2013.Flower DR. Bioinformatics for vaccinology, Wiley-Blackwell, Hoboken, 2007.Na?in pra?enja kvalitete i uspje?nosti izvedbe (evaluacija):Uspje?nost kolegija ?e evaluirati svake godine zajedni?ko stru?no povjerenstvo Instituta Ru?er Bo?kovi?, Sveu?ili?ta u Dubrovniku i Sveu?ili?ta u Osijeku, a voditelji ?e putem ankete od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspje?nosti od strane voditeljstva. ................
................

In order to avoid copyright disputes, this page is only a partial summary.

Google Online Preview   Download