SciPy Reference Guide

SciPy Reference Guide

Release 0.7 Written by the SciPy community

March 17, 2009

CONTENTS

1 SciPy Tutorial

3

1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

1.2 Basic functions in Numpy (and top-level scipy) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

1.3 Special functions (scipy.special) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

1.4 Integration (scipy.integrate) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

1.5 Optimization (optimize) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

1.6 Interpolation (scipy.interpolate) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

1.7 Signal Processing (signal) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

1.8 Linear Algebra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

1.9 Statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

1.10 Multi-dimensional image processing (ndimage) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

2 Release Notes

71

2.1 SciPy 0.7.0 Release Notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

3 Reference

77

3.1 Clustering package (scipy.cluster) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

3.2 Constants (scipy.constants) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

3.3 Fourier transforms (scipy.fftpack) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

3.4 Integration and ODEs (scipy.integrate) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117

3.5 Interpolation (scipy.interpolate) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125

3.6 Input and output (scipy.io) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

3.7 Linear algebra (scipy.linalg) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148

3.8 Maximum entropy models (scipy.maxentropy) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

3.9 Miscellaneous routines (scipy.misc) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188

3.10 Multi-dimensional image processing (scipy.ndimage) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192

3.11 Orthogonal distance regression (scipy.odr) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216

3.12 Optimization and root finding (scipy.optimize) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222

3.13 Signal processing (scipy.signal) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247

3.14 Sparse matrices (scipy.sparse) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270

3.15 Sparse linear algebra (scipy.sparse.linalg) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285

3.16 Spatial algorithms and data structures (scipy.spatial) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291

3.17 Special functions (scipy.special) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311

3.18 Statistical functions (scipy.stats) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340

3.19 Image Array Manipulation and Convolution (scipy.stsci) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 528

3.20 C/C++ integration (scipy.weave) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536

Bibliography

537

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Index

539

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SciPy Reference Guide, Release 0.7

Release 0.7

Date March 17, 2009

SciPy (pronounced "Sigh Pie") is open-source software for mathematics, science, and engineering.

CONTENTS

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