ImageJ User Guide - National Institutes of Health

RevIisJed1e.d4it6iorn

ImageJ UUsseerr GGuuiiddee

ImageJ ImageJ/Fiji 1.46

ImageJ User Guide

IJ 1.46r

Tiago Ferreira ? Wayne Rasband

Tuesday 2nd October, 2012

Foreword The ImageJ User Guide provides a detailed overview of ImageJ (and inherently Fiji), the standard in scientific image analysis (see XXVI Focus on Bioimage Informatics). It was thought as a comprehensive, fully-searchable, self-contained, annotatable manual (see Conventions Used in this Guide). A HTML version is also available as well as printer-friendly booklets (see Guide Formats). Its latest version can always be obtained from . The source files are available through a Git version control repository at . Given ImageJ's heavy development this guide will always remain incomplete. All ImageJ users and developers are encouraged to contribute to the ImageJ documentation resources (see Getting Involved).

Contents

Release Notes for ImageJ 1.46r

vii

Noteworthy

viii

Macro Listings

ix

Conventions

x

I Getting Started

1 Introduction

1

2 Installing and Maintaining ImageJ

2

2.1 ImageJDistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

2.2 Related Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

2.3 ImageJ2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

3 Getting Help

5

3.1 Help on Image Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

3.2 Help on ImageJ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

II Working with ImageJ

4 Using Keyboard Shortcuts

8

5 Finding Commands

8

6 Undo and Redo

9

7 Image Types and Formats

10

8 Stacks, Virtual Stacks and Hyperstacks

12

9 Color Images

14

10 Selections

17

10.1 Manipulating ROIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

10.2 Composite Selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

10.3 Selections With Sub-pixel Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

11 Overlays

19

12 3D Volumes

21

13 Settings and Preferences

22

III Extending ImageJ

14 Macros

23

ii

15 Scripts

24

16 Plugins

24

17 Scripting in Other Languages

26

18 Running ImageJ From the Command Line

26

IV ImageJ User Interface

19 Tools 19.1 Area Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 19.2 Line Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 19.3 Arrow Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 19.4 Angle Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 19.5 Point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 19.6 Multi-point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 19.7 Wand Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 19.8 Text Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 19.9 Magnifying Glass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.10 Scrolling Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.11 Color Picker Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.12 More Tools Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 19.13 Arrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.14 Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.15 Developer Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.16 Flood Filler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.17 LUT Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.18 Overlay Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.19 Pencil . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 19.20 Pixel Inspector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 19.21 Spray Can . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 19.22 Stacks Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

20 Custom Tools

41

21 Contextual Menu

42

22 Results Table

43

23 Editor

44

24 Log Window

46

25 Customizing the ImageJ Interface

46

25.1 Floating Behavior of Main Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

25.2 Pointer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

V Menu Commands

26 File

49

26.1 New . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

iii

26.2 Open. . . [o] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 26.3 Open Next [O] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 26.4 Open Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 26.5 Open Recent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 26.6 Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 26.7 Close [w] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 26.8 Close All . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 26.9 Save [s] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 26.10 Save As . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 26.11 Revert [r] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 26.12 Page Setup. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 26.13 Print. . . [p] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 26.14 Quit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

27 Edit

61

27.1 Undo [z] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

27.2 Cut [x] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

27.3 Copy [c] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

27.4 Copy to System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

27.5 Paste [v] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

27.6 Paste Control. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

27.7 Clear . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

27.8 Clear Outside . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

27.9 Fill [f] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

27.10 Draw [d] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

27.11 Invert [I] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

27.12 Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

27.13 Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

28 Image

75

28.1 Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

28.2 Adjust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

28.3 Show Info. . . [i] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

28.4 Properties. . . [P] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

28.5 Color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

28.6 Stacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86

28.7 Hyperstacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96

28.8 Crop [X] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97

28.9 Duplicate. . . [D] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97

28.10 Rename. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

28.11 Scale. . . [E] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

28.12 Transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

28.13 Zoom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100

28.14 Overlay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101

28.15 Lookup Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105

29 Process

107

29.1 Smooth [S] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

29.2 Sharpen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

29.3 Find Edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

29.4 Find Maxima. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

29.5 Enhance Contrast. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109

iv

 ................
................

In order to avoid copyright disputes, this page is only a partial summary.

Google Online Preview   Download