Watson TSQ Module - Thermo Fisher Scientific

Watson TSQ Module

Version 1.0

User Guide

XCALI-97257 Revision A August 2009

? 2009 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. LCquan and TSQ Vantage are trademarks, and Xcalibur and TSQ Quantum are registered trademarks of Thermo Fisher Scientific Inc. in the United States.

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Release history: Revision A - August 2009 Minimum software requirements: Xcalibur 2.1.0; TSQ 2.0.5; Microsoft Windows XP Professional SP 3; (optional) LC Devices 2.2.1 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii Related Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .viii Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .viii System Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .ix Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . x

Chapter 1

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1 Watson Feature Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 TSQ Module Feature Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 Watson/LCquan-Xcalibur/TSQ Module Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 Watson/LCquan-Xcalibur/TSQ Module Sequence of Steps . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Watson/TSQ Module/Watson Run Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Chapter 2

Watson: Submitting Runs to the TSQ Module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7 Creating a Peak Integration Instrument. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

Creating an Instrument Stack . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 Specifying Devices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 Tune, Method, and Processing Method Files in LCquan and Xcalibur . . . . . . . 12 Setting up the Master Assay. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 Working with a Watson Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

Chapter 3

TSQ Module: System Administration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19 Managing the Environments.xml File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Communicating with the Watson Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 Exporting Method Files to a Common Folder. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

Exported LCquan Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 Auditing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

Audit Trail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 User Permissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 Using E-Signatures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Chapter 4

TSQ Module: Getting Started . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27 Setting up in the Watson Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 Starting the TSQ Module Application. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

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Watson TSQ Module User Guide iii

Contents

Chapter 5

TSQ Module: Acquiring Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .31 The Basic Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

Basic Workflow Video. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 Selecting a Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 Managing a Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 Editing a Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Acquiring a Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 Monitoring the Run Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

Run Status View Control Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 Run Status. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 Instrument Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 Acquisition Queue. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 Real-time Display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

Chapter 6

Watson: Working with Processed Runs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59 Reviewing Runs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 Reintegrating Chromatograms. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 Changing the Chromatogram Display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

Additional Run Review Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 Reviewing Internal Standards and Performing Regression . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

Chapter 7

Watson: Reports and Printing Capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77 Study-level and Sample-level Integration Reports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77 Audit Reports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

Generating a Watson Audit Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 Generating a TSQ Module Status/Audit Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 Printing Capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Printing a Chromatogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Printing Capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85

Appendix A TSQ Module: Menu and Toolbar Reference. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87 Using the Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 TSQ Application Menu Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 Title Bar and Ribbon Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 Status Bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 Accessing TSQ Module Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 Select Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Setup Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 Acquire Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94 Status Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 Manage Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

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Contents

Appendix B Restarting Runs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .101 Restarting a Run from within the TSQ Module Application . . . . . . . . . . . . . . 101 Restarting a Stopped Run at the Beginning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 Restarting a Stopped Run at a Specific Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 Restarting a Run from the Run Manager View: Workflow . . . . . . . . . . . . . 103 Returning a Run to the Watson Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 Returning a Run to the Watson Application: Workflow . . . . . . . . . . . . . . . 105 Re-injecting a Run from the Watson Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106 Selecting Samples to Re-inject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106 Canceling Re-injected Acquisitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 Accepting the Analyte Results from the Standard Regression Form . . . . . . . 107

Appendix C

Quantitative Analysis Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .109 About Quantitative Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 Considering the Variables of Quantitative Analysis by LC/MS/MS . . . . . . . . . 110

Using LC for Analyte Separation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 Using MS/MS for Analyte Detection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 Quantitative Analysis Techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113 Using External Standards for Quantitative Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 Using Internal Standards for Quantitative Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 Sample Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 Standards. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 Unknowns. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 QCs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 Blanks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117

Glossary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .119

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .149

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