SUGESTÃO E NORMAS PARA ELABORAÇÃO DE UM …



Memorial de Luciano Antonio Digiampietri atualizado dia 25 de outubro de 2007.

SUMÁRIO

INTRODUÇÃO 2

I - Identificação 3

II - Formação 3

III – IDIOMAS 3

iV – Prêmios 3

V – EXPERIÊNCIAS DIDÁTICAS UNIVERSITÁRIAS 3

VI – ATIVIDADES DE PESQUISA 4

VII – PRODUÇÃO CIENTÍFICA-PUBLICAÇÕES 5

VIII – Participação em congressos, seminários e eventos similares 8

IX - ATIVIDADES RELACIONADAS À EXTENSÃO E SERVIÇOS À COMUNIDADE 10

X – sOFTWARES, PATENTES E outros 10

INTRODUÇÃO

Em 1999 ingressei no curso Ciência da Computação na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) após ter concluído, em 1998, o curso técnico em Processamento de Dados. Eu sempre me interessei pelas atividades acadêmicas e de pesquisa e por isso, no início de 2000, iniciei uma iniciação científica no Instituto de Biologia da UNICAMP trabalhando com bioinformática de projetos genoma sob a orientação do professor Gonçalo Amarante Guimarães Pereira. Prossegui nesta iniciação científica até o final da minha graduação (fim de 2002). Durante minha gradução fiz três disciplinas de pós-gradução do Insituto de Computação – UNICAMP. Com o término da gradução eu prestei a prova POSCOMP e me inscrevi para o Mestrado em Ciência da Computação pela UNICAMP. Devido ao meu bom desempenho na gradução (média geral levemente superior a 90%), a minha boa nota na POSCOMP (dos alunos que prestaram a prova na UNICAMP em 2002 eu obtive a terceira melhor nota) e ao fato de ter obtido conceito A nas três disciplinas de pós-graduação que eu fizera durante a gradução, eu fui convidado a ingressar no doutorado direto. Aceitei este convite e fiz o doutorado sob a orientação dos professores João Carlos Setubal e Claudia Bauzer Medeiros. De 2003 a 2004 desenvolvi minha pesquisa no Laboratório de Bioinformática (LBI) do Instituto de Computação da UNICAMP onde trabalhei com montagem e anotação de genomas e ajudei na orientação de alunos de Iniciação Científica. De 2005 a 2007 finalizei a pesquisa de meu doutorado no Laboratório de Sistemas de Informação (LIS) da UNICAMP. No segundo semestre de 2005 concorri e ganhei uma das duas bolsas de doutorado da Microsoft Research (Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship). O fato de ter ganho essa bolsa me possibilitou fazer dois estágios internacionais na Microsoft Research. Um dos estágios ocorreu de maio a julho de 2006 no grupo de banco de dados e o outro de maio a julho de 2007 no grupo de computação técnica, ambos pertencentes a Microsoft Research. Defendi meu doutorado dia 3 de agosto de 2007. No dia 17 de agosto de 2007 comecei a trabalhar no projeto HARPIA (um convênio entre a Secretaria da Receita Federal e universidades brasileiras para o desenvolvimento de sistemas computacionais que facilitem a detecção de fraudes) exercendo a função de pesquisador/pós-doutorando.

I - Identificação

• Nome completo: Luciano Antonio Digiampietri

• Filiação: Edson Antonio Digiampietri e Vera Lucia Migliorini Digiampietri

• Data de nascimento: 31/03/1981, local de nascimento: Sorocaba - SP, nacionalidade: brasileiro

• Profissão: pesquisador

• Endereço: Ruas Oscar Alves Costa, 163. Barão Geraldo, Campinas, SP. CEP 13084-762, telefones: (19) 81718160 e (19) 32891262, e-mail: luciano.digiampietri@

• Membro da Sociedade Brasileira de Computação.

II - Formação

1. Graduação: Bacharel em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas, 24 de janeiro de 2003.

2. Pós-Graduação: Doutor em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas, título defendido dia 3 de agosto de 2007.

III – IDIOMAS

1. Português: nativo

2. Inglês: conhecimento de trabalho / proficiente

iV – Prêmios

Ganhador da bolsa “Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship” no processo seletivo de 2005 (para recebimento de bolsa em 2006 e 2007).

V – EXPERIÊNCIAS DIDÁTICAS UNIVERSITÁRIAS

1. Programa de Estágio Docente (PED I) pela Universidade Estadual de Campinas, ministrando a disciplina Engenharia de Software (MC426) no primeiro semestre de 2004.

VI – ATIVIDADES DE PESQUISA

• Linhas de pesquisas atuais: gerenciamento de workflows científicos, governo eletrônico, montagem e anotação de genomas e uso planejamento em inteligência artificial para composição de tarefas.

• Projetos de pesquisa:

1. Iniciação Científica: desenvolvimento de bioinformática do genoma prospectivo da levedura Hansenula polymorpha e criação de um sistema de submissões multi-espécie. Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira. Bolsista da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) de agosto de 2000 a dezembro de 2002.

2. Doutorado: gerenciamento de workflows científicos em bioinformática. Orientadores: João Carlos Setubal e Claudia Bauzer Medeiro. Bolsista da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) de março de 2003 a abril de 2006 e bolsista da Microsoft Research, MSR, Estados Unidos de agosto de 2006 a julho de 2007.

3. Primeiro Estágio Internacional na Microsoft Research: gerenciamento de proveniência de experimentos científicos executados na forma de workflows científicos. Microsoft Database Group at Microsoft Research. De maio a julho de 2006.

4. Segundo Estágio Internacional na Microsoft Research: gerenciamento de experimentos em oceanografia através do projeto e execução de workflows científicios via Web. Microsoft Technical Computing at Microsoft Research. De maio a julho de 2007.

5. Projeto HARPIA (pós-doutorado): Inteligência Computacional Aplicada a Gestão do Risco Alfandegário (MF-SRF-ITA-Unicamp). Este projeto já existe há alguns anos e eu estou trabalhando nele deste 17 de agosto de 2007 com as seguintes tarefas: (i) otimização do acesso ao banco de dados e data warehouse; e (ii) estabelecimento de regras para um sistema especialista que dectetará informações anômalas nas declarações de importações entregues a Receita Federal.

VII – PRODUÇÃO CIENTÍFICA-PUBLICAÇÕES

• Artigos publicados em periódicos internacionais:

1. A. L. T. O. Nascimento, S. Verjovski-Almeida, M. A. Van Sluys, C. B. Monteiro-Vitorello, L. E. A. Camargo, Luciano A. Digiampietri, R. A. Harstkeerl, P. L. Ho, M. V. Marques, M. C. Oliveira, J. C. Setubal, D. A. Haake and E. A. L. Martins. Genome features of Leptospira interrogans serovar Copenhageni. Brazilian Journal of Medical and Biological Research. 37(4):459-477, 2004. ISSN 0100-879X. Qualis A – Internacional (Engenharias II, III e IV).

2. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A framework based in Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Genetics and Molecular Research 4(3), 2005. ISSN 1676-5680. Qualis C – Internacional (Engenharias III) e Qualis A – Internacional (Ciências Biológias I).

3. L. M. Moreira, R. F. de Souza, Luciano A. Digiampietri, A. C. R. da Silva, J. C. Setubal: Comparative analyses of Xanthomonas and Xylella complete genomes. OMICS - A Journal of Integrative Biology (2005) Spring, 9(1):43-76. Qualis C – Internacional (Medicina I e II).

4. C. B. Medeiros and J. Perez-Alcazar and L. Digiampietri and G. Pastorello and A. Santanche and R. Torres and E. Madeira and E. Bacarin: WOODSS and the Web: Annotating and Reusing Scientific Workflow. SIGMOD Record 34(3):18-23, 2005. ISSN: 0163-5808. Qualis A – Internacional (Ciência da Computação).

5. M.F. Carazzolle, E.F. Formighieri, Luciano A. Digiampietri, M.R.R. Araujo, G.G.L. Costa, and G.A.G. Pereira. Gene projects: a web application for ongoing annotation in est and shotgun genome projects. Genetics and Molecular Biology, 2007 (aceito para publicação, a aparecer em 2007). Qualis A – Internacional (Engenharias II e IV).

6. Roger S. Barga and Luciano A. Digiampietri. Automatic capture and efficient storage of e-science experiment provenance. Concurrency and Computation: Practice and Experience 1:10-21, 2007. Qualis A – Internacional (Ciência da Computação).

7. Luciano A. Digiampietri, José J. Pérez-Alcázar and Claudia B. Medeiros: An ontology-based framework for bioinformatics workflows. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (IJBRA), 3(3):258-285, 2007. Sem classificação Qualis.

• Artigos publicados em periódicos nacionais arbitrados:

8. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A data model for comparative genomics. Revista Tecnologia da Informação. Dezembro de 2003, 3(2): 35-40, 2003. ISSN 1516-9197. Qualis B – Local – Multidisciplinar.

• Trabalhos completos publicados em anais de eventos científicos:

9. G.G.L. Costa, Luciano Antonio Digiampietri, E.H. Ostroski and J.C. Setubal: Evaluation of graph based protein clustering methods. Fifth Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology (BIOMAT2005), Petropolis, RJ, Brazil. Dezembro de 2005.

10. R. S. Barga and Luciano A. Digiampietri: Automatic Generation of Workflow Provenance. Provenance and Annotation of Data - International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2006, Chicago, Il, EUA, Maio de 2006. Publicado na série Lecture Notes in Computer Science, Volume 4145, 2006, XI, ISBN: 3-540-46302-X.

11. Luciano A. Digiampietri, J. C. Setubal, C. B. Medeiros: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Anais do V Workshop de Teses e Dissertações em Bancos de Dados, WTDBD 2006, Florianópolis, SC, Brasil, Outubro, 2006, pp. 2-9.

12. Luciano A. Digiampietri, J. J. Pérez-Alcázar and C. B. Medeiros: AI Planning in Web Services Composition: a review of current approaches and a new solution. VI ENIA – Anais da XXVII Conferência da Sociedade Brasileira de Computção (CSBC2007), Rio de Janeiro, Brasil, Julho, 2007, pp. 983-992.

13. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal and R. S. Barga: Traceability Mechanisms for Bioinformatics Scientific Workflows. Anais do AAAI2007's Workshop on Semantic E-Science (SeS2007), Vancouver, Canada, Julho, 2007, pp. 26-33.

• Resumos publicados em anais de eventos científicos:

14. Luciano A. Digiampietri et al.: Fact and Task Oriented System for genome assembly and annotation. Anais do Simpósio Brasileiro de Bioinformática, BSB 2005. Publicado na série Lecture Notes in Bioinformatics, Julho 2005, vol. 2594, 238-241, 2005. ISBN: 3-540-28008-1.

• Outras publicações

Relatório Técnico:

15. Luciano A. Digiampietri, José J. Pérez-Alcázar, Claudia B. Medeiros and João C. Setubal: A framework based on semantic Web services and AI planning for the management of bioinformatics scientific workflows. Relatório Técnico IC-06-004, Instituto de Computação, UNICAMP, Fevereiro de 2006.

Tese de Doutorado

16. Luciano A. Digiampietri, Claudia B. Medeiros, João C. Setubal. Gerenciamento de Workflows Científicos em Bioinformática. Instituto de Computação, Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Campinas, SP, Agosto de 2007.

VIII – Participação em congressos, seminários e eventos similares

• Participação como conferencista ou palestrante

1. III Workshop Brasileiro de Bioinformática. Apresentação do trabalho: A framework based in Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Outubro de 2004.

2. International Workshop on Genomic Databases. Apresentação do trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Novembro de 2005.

3. Workshop de Teses e Dissertações de Bancos de Dados (WTDBD2006). Apresentação do trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Outubro de 2006.

4. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas. Apresentação do trabalho: A framework based on semantic Web services and AI planning for the management of bioinformatics scientific workflows. Novembro de 2006.

• Participação como congressista

5. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computação. Campinas – SP. Agosto de 2003.

6. V Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP. Novembro de 2003.

7. II Workshop Brasileiro de Bioinformática. Macaé – RJ. Dezembro de 2003.

8. Campinas Inova 2004. Campinas – SP. Março de 2004.

9. Unicamp de Portas Abertas. Campinas – SP. Setembro de 2004.

10. VI Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP. Novembro de 2004.

11. International Workshop on Genomic Databases. Rio de Janeiro – RJ. Novembro de 2005.

12. Unicamp de Portas Abertas 2005. Campinas – SP. Setembro de 2005.

13. VII Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP. Novembro de 2005.

14. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computação. São Leopoldo, RS. Julho de 2005.

15. XXI Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. Florianópolis, SC. Outubro de 2006.

16. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas. Campinas – SP. Novembro de 2006.

17. VIII Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP. Novembro de 2005.

18. Simpósio Brasileiro de Bioinformática 2007 (BSB2007) e International Workshop on Genomic Databases (IWGD 2007). Angra dos Reis - RJ. Agosto de 2007.

IX - ATIVIDADES RELACIONADAS À EXTENSÃO E SERVIÇOS À COMUNIDADE

1. Revisor de diversos congressos e workshops nacionais, tais como: Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB2005 e BSB2007), Concurso de Tedes de Doutorado da SBC (CTD2007), Workshop e-Science, Workshop de Teses e Dissertação de Bancos de Dados (WTDBD2007), entre outros.

2. Assessor científico da FAPESP para projetos de Iniciação Científica no país desde agosto de 2007.

3. Apresentação do seminário: “Gerenciamento de Workflows Científicos: desafios e oportunidades” na disciplina “Série de Seminários” do Instituto de Computação da Unicamp em agosto de 2007.

X – sOFTWARES, PATENTES E outros

1. Patente de Software: Gene Projects (Sistema de Anotação Genômica). Autores: Marcelo Carazzolle, Marcos R.R. Araújo, Eduardo Formighieri, Luciano A. Digiampietri, Gonçalo A.G. Pereira. Patente: PAT002-04 – Unicamp. Protocolo no. 0057290, de 09/01/2004.

2. Co-submissão de seqüência genômica no banco de dados genômicos Genbank do NCBI (Nacional Center for Biotechnology Information): genoma completo da mitocondria do organismo Moniliophthora perniciosa. Seqüência aceita e revisada em maio de 2006.

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